La duración del programa de maestría consta de un primer año de escolaridad con 6 cursos teórico-prácticos obligatorios que se realizan como módulos intensivos de entre 4 y 5 semanas. Con la finalización de los módulos y la defensa del anteproyecto de tesis se culmina la etapa de escolaridad.
Estos módulos son:
- Dinámica Ambiental Tropical
- Ecología de Poblaciones y Comunidades
- Ecofisiología
- Ecología de Ecosistemas y Agroecosistemas
- Ecología del Paisaje
- Ecología y Desarrollo
Durante el segundo año se ejecuta y defiende el Trabajo Especial de Grado (Tesis). Las principales líneas temáticas que orientan los profesores son:
- Dinámica hídrica (Dra. Michele Ataroff)
- Ecología de poblaciones y comunidades (Dr. Juan Silva, Dr. Mario Fariñas, Dr. Luis Daniel Llambí, Dr. Samuel Segnini, Dra. Teresa Schwarzkopf, Dra. Anairamiz Aranguren)
- Ecofisiología de plantas y cultivos (Dra. Aura Azocar, Dr. Fermín Rada, Dr. Carlos García, Dr. Ramón Jaimez)
- Ecología de ecosistemas y agroecosistemas (Dra. Lina Sarmiento, Dr. Dimas Acevedo)
- Ecología regional y del paisaje (Dr. Eulogio Chacón)
- Ecología y desarrollo (Dra. Liccia Romero)
- Interacciones planta-animal (Dr. Pascual Soriano)
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