El Programa de Doctorado se inicia en 1987, una vez consolidada la maestría en Ecología Tropical y poco tiempo después de la transformación del Grupo de Ecología en Centro de Investigaciones Ecológicas de los Andes Tropicales (CIELAT).
Constituye el primer doctorado de la Universidad de los Andes, el cual ha otorgado el titulo de Doctor en Ecología Tropical a 29 estudiantes de nueve países de Latinoamérica y Europa. En la actualidad hay 25 estudiantes de doctorado desarrollando su Programa de Formación bajo la tutoría de 10 profesores de planta.
| 